Στα τέλη του 19ου αιώνα, στο περιβάλλον που διαμορφώθηκε μετά τα εγκαίνια της διώρυγας του Σουέζ, το 1869, και την ένταξη της Ανατολικής Μεσογείου στο παγκόσμιο εμπόριο, η Θεσσαλονίκη, εκμεταλλευόμενη τη γεωγραφική της θέση, προχώρησε στην άρση της απομόνωσής της: κατεδάφισε το παράκτιο τμήμα των οχυρώσεών της, κατασκεύασε σημαντικές σιδηροδρομικές υποδομές προς τη Βαλκανική και την Κωνσταντινούπολη και κατασκεύασε τεχνητό λιμένα, ως απαραίτητη υποδομή για την οικονομική της ανάπτυξη.
Εκείνη την εποχή, σχεδόν όλα τα λιμενικά έργα στην Ανατολική Μεσόγειο εκτελέστηκαν από γαλλικές εταιρείες με την τεχνογνωσία εξειδικευμένων μηχανικών από τις Grandes Ecoles* οι οποίοι, μεταξύ του 1872 και 1892, εκπόνησαν τις πρώτες μελέτες για το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, εμπνεόμενοι, σε μεγάλο βαθμό, από το πρόσφατα κατασκευασμένο λιμάνι της Μασσαλίας, πριν η κατασκευή του ανατεθεί, το 1896, στον Edmond Bartissol. Ο γάλλος εργολάβος δημοσίων έργων διηύθυνε, ήδη, πολυάριθμα εργοτάξια στο εξωτερικό, και συγκεκριμένα συμμετείχε στην διάνοιξη της διώρυγας του Σουέζ και κατασκεύασε σιδηροδρόμους, γέφυρες και σήραγγες στην Ισπανία και την Πορτογαλία. Ανέθεσε το έργο και τη διαχείριση των εργασιών στον μηχανικό Jules Robert, ο οποίος ανέλαβε τα σχέδια των προηγούμενων μηχανικών.
Σ' αυτό το πρωτοποριακό έργο συμμετείχαν σημαντικές γαλλικές εταιρείες όπως η Société de Construction des Batignolles, η Ανώνυμος Οθωμανική Βιομηχανική και Εμπορική Εταιρεία Θεσσαλονίκης του Edmond Bartissol και το Τεχνικό Γραφείο Ενισχυμένου Σκυροδέματος του François Hennebique.
Η σύμβαση περιελάμβανε την κατασκευή και λειτουργία του λιμένος. Προβλέπονταν έξι κτήρια, εκ των οποίων κατασκευάστηκαν τα τέσσερα. Το επιβλητικότερο ήταν το κτήριο των τελωνείων, διαστάσεων 200 επί 25 μέτρα και κατασκευάστηκε από οπλισμένο σκυρόδεμα, μια υπερσύγχρονη τεχνική που εφαρμόστηκε στις αρχές του 1890 από τον διάσημο François Hennebique. Ανακαινισμένο, στα τέλη της δεκαετίας του 1940, από τη γαλλική εταιρεία Fraissinet, το κτήριο σήμερα είναι το μοναδικό από τα τέσσερα που διασώζεται και στεγάζει ακόμα το τελωνείο και τον τερματικό σταθμό των επιβατικών πορθμείων.
Το λιμάνι έχει επίσης υποστεί μερικές βελτιώσεις μετά την ανάληψη του δικαιώματος λειτουργίας του από το Ελληνικό Δημόσιο το 1930. Μετά από διαδοχικές επεκτάσεις προς τα δυτικά, με νέες αποβάθρες, κτίρια και εξοπλισμό, είναι σήμερα βιομηχανικός και σημαντικός εμπορικός λιμένας και αποτελεί την κύρια πρόσβαση των Βαλκανίων στη θάλασσα.
Οι δεσμοί με τη Γαλλία παραμένουν ισχυροί αφού η Terminal Link, θυγατρική του γαλλικού ναυτιλιακού ομίλου CMA-CGM, είναι μέλος της κοινοπραξίας που το 2017 κατείχε κατά πλειοψηφία συμμετοχή του Οργανισμού Λιμένος Θεσσαλονίκης.
* Οι Grandes Ecoles είναι ιδιαίτερες σχολές του γαλλικού εκπαιδευτικού συστήματος. Πρόκειται για δημόσια ή ιδιωτικά εκπαιδευτικά ιδρύματα υψηλού κύρους, στα οποία η πρόσβαση είναι δύσκολη. Καταρτίζουν επαγγελματίες σε ποικίλους τομείς.